Detection and characterization of Clostridioides difficile strains in French broiler farms
Détection et caractérisation de souches de Clostridioides difficile dans des élevages de poulets en France
Résumé
Clostridioides difficile is the major cause of nosocomial diarrhea in adults worldwide. A raise in the number of C. difficile infections in the community has also been reported, the potential suspected sources being environment, animals, food and human contacts. A recent study conducted in Germany and published in 2021 has allowed the isolation of C. difficile from chicken and turkey meat with skin. Characterization of the isolates using PCR-ribotyping showed similarities between poultry and human strains. There has been no available data about the prevalence or characterization of C. difficile in poultry in France up to now.
The objective of our study was to evaluate the occurrence of C. difficile in poultry farms and their characterization. A total of 190 samples of caecal contents from 21 farms was analysed on selective medium.
Twenty strains were further selected and characterized using PCR-Ribotyping (gold standard for C. difficile typing), multiplex PCR for the detection of virulence factors ((tcdA, tcdB, tcdC, cdtA, cdtB) and antibiotic sensitivity was evaluated. C. difficile was detected in 50 caecal contents (26.3%) coming from 18 farms. Genes encoding for Toxin A and B were detected in all isolates, and only two isolates had the genes encoding for binary toxin. PCR-Ribotypes were highly variable (13 profiles), some of which were similar to the ones involved n human infections such as 001, 005, 015 ou 020. All isolates were sensitive to vancomycin, moxifloxacin, metronidazole, erythromycin, 5% to clindamycin and 90% to tetracycline. This study provides a first picture of characteristics C. difficile isolated from broiler caecal contents in France.
Clostridioides difficile est la première cause mondiale de diarrhées infectieuses nosocomiales chez les adultes. Une augmentation des infections à C. difficile d’origine communautaire est également notée ces dernières années dont les sources potentielles sont l’environnement, les animaux, les aliments et les contacts humains. Une étude récente menée en Allemagne en 2021 a permis d’isoler des souches de C. difficile à partir de viandes de poulets et de dindes avec peau. La caractérisation de ces souches a montré la présence d’isolats présentant des ribotypes similaires à ceux retrouvés dans les infections humaines. Aucune donnée n’est actuellement disponible en France au sujet de la prévalence ou des caractéristiques des souches de C. difficile dans la filière avicole.L’objectif de notre étude était d’évaluer la prévalence de C. difficile au stade de l’élevage dans la filière avicole et de caractériser les souches isolées. Un total de 190 échantillons de contenus caecaux de poulets de chair en provenance de 21 élevages a été analysé sur milieu sélectif. Une sélection de 20 souches a ensuite été caractérisée par PCR-Ribotypage (méthode de référence de typage de C. difficile), par PCR ciblant les facteurs de virulence (tcdA, tcdB, tcdC, cdtA, cdtB) et la sensibilité aux antibiotiques a été évaluée. C. difficile a été détecté dans 50 contenus caecaux (26,3%) provenant de 18 élevages. Toutes les souches caractérisées présentent les gènes codant pour les toxines A et B; seules deux souches présentent les gènes codant pour la toxine binaire. Les PCR-Ribotypes sont très variés (13 profils identifiés), dont certains sont communs à ceux impliqués dans les infections humaines en France tels que les PCR-Ribotypes 001, 005, 015 ou 020. Toutes les souches sont sensibles à la vancomycine, au métronidazole, à l’érythromycine et à la moxifloxacine, 5 % à la clindamycine, 90 % à la tétracycline. Cette étude permet de disposer d’un premier aperçu des caractéristiques d’isolats de C. difficile provenant de caeca de poulets de chair en France.