Evaluating efficacy of cleaning and disinfection of vehicles and transport crates during Avian Influenza outbreaks
Décontamination des camions et cages de transport de canards : étude descriptive dans le Sud-Ouest de la France durant l’épizootie d’influenza aviaire 2020-2021
Résumé
In 2021, France faced large avian influenza outbreaks. Controlling these outbreaks required the preventive depopulation of a large number of duck farms. A previous study in 2017 showed that the quality of decontamination of trucks and transport crates used for depopulation was often insufficient. A new study was then set up to evaluate cleaning and disinfection (C&D) of trucks and crates used for duck depopulation and whether practices had changed since 2017. Another objective was to evaluate the correlation of results between the methods used to assess decontamination: i/ detection of avian influenza virus (AIV) genome, ii/ visual inspection of cleanliness, and iii/microbial counts, considering that ii and iii are commonly used in abattoirs. In five abattoirs, eight trucks and their crates were sampled by swabbing to detect AIV genome by rRT-PCR before and after decontamination. Visual
cleanliness scores and coliform counts were also determined on crates after C&D. Trucks and crates were decontaminated according to the abattoirs’ protocols. Before C&D, three quarters of crates (59/79) and 7 of 8 trucks were positive for AIV genome. C&D procedures were reinforced in 2021 compared to 2017; use of detergent solution and warm water were more common. Nevertheless, 28% of the crates were positive for AIV genome after C&D, despite the fact that cleaning scores and microbiological counts were satisfactory for 84% and 91% of the crates, respectively. No correlation was observed between results for AIV genome detection and results from visual control or from coliform counts. Abattoirs are encouraged to use environmental sampling coupled with AIV genome detection to monitor the quality of cleaning and disinfection of trucks and crates during AI outbreaks.
Reinforcement of biosecurity measures at abattoirs is needed to avoid AIV residual contamination of the equipment and cross-contamination during the C&D process.
En 2021, le contrôle de l’épizootie d’Influenza Aviaire (IA) a nécessité l’abattage d’un nombre important de troupeaux de canards dans le Sud-Ouest de la France. Une étude menée dans des conditions similaires en 2017 avait montré que la décontamination des caisses et camions utilisés pour le dépeuplement était souvent insuffisante. Cette nouvelle étude visait à évaluer l’efficacité du nettoyage et de la désinfection (N&D) des camions et caisses durant l’épizootie 2021 et déterminer si les pratiques avaient évolué depuis 2017. Un second objectif était d’estimer la corrélation entre les résultats des méthodes d’évaluation du N&D par i/ détection du génome d’influenzavirus (IAV) sur les surfaces, ii/ inspection visuelle de la propreté des caisses, iii/ dénombrement microbiologique sur prélèvement de surface, ces deux dernières méthodes étant usuellement utilisées en abattoir. Dans cinq abattoirs, huit camions et leurs caisses ont été prélevés par chiffonnage et écouvillonnage (208 échantillons) pour détecter par rRT-PCR la présence de génome IAV avant et après N&D. Une inspection visuelle de la propreté et des dénombrements des coliformes thermotolérants par écouvillonnage et boîte de contact ont été réalisés après N&D. Les protocoles de décontamination utilisés étaient propres aux abattoirs. Avant N&D, 75 % des caisses étaient positives pour le génome IAV et sept camions sur huit. Les procédures de N&D ont été renforcées en 2021, avec l’utilisation plus courante d’eau chaude et de détergent. Cependant, 28 % des caisses étaient encore positives IAV après N&D, bien que la propreté et les dénombrements bactériens aient été jugés satisfaisants pour respectivement 84 % et 91 % des caisses. Aucune corrélation n’a été observée entre les résultats de détection de génome viral et ceux de l’inspection visuelle et des dénombrements bactériens. La détection de génome IAV par rRT-PCR sur prélèvements de surface constitue la méthode la plus indiquée pour évaluer la décontamination des camions et caisses de transport dans un contexte d’IA. Renforcer les procédures de décontamination est encore nécessaire pour éviter une contamination résiduelle en IAV, avec une vigilance accrue sur les risques de contaminations croisées lors des processus.