Avis de l'Anses relatif à un retour d’expérience sur la crise influenza aviaire hautement pathogène 2020-2021 (3eme partie)
Résumé
L’épizootie d’influenza de type A hautement pathogène (IAHP) de sous type H5N8 qui a sévi, en France, au cours de l'hiver 2020-2021 dans le compartiment élevage, principalement dans le Sud-Ouest1 et dans une bien moindre mesure en Vendée/Deux-Sèvres, ainsi que dans la filière animalerie/ornement en Corse/Yvelines, a causé près de 500 foyers et entraîné l’abattage de plus de 3 millions de canards et autres volailles, répétant ainsi les épizooties de 2015-2016 et 2016-2017. Ces épizooties récurrentes posent des questions de fond sur
l'organisation des filières, notamment dans le Sud-Ouest, et sur les facteurs de risque de diffusion de l’infection, à partir du moment où un premier élevage se trouve infecté. L’Anses a été saisie pour conduire un retour d’expérience suite à cette nouvelle épizootie, après avoir rendu différents avis et AST2 en urgence tout au long de l’hiver 2020-2021. L’analyse des données épidémiologiques, ainsi que des actions gouvernementales ou professionnelles lors de cette épizootie, a été réalisée dans la première partie de l’avis 2021-SA-0022, du
26/05/2021, publié sur le site de l’Anses. L’analyse comparée des facteurs de risque a été réalisée dans la deuxième partie de l’avis 2021-SA-0022, signé le 05/11/2021 et publié sur le site de l’Agence. Cette troisième partie de l’avis 2021-SA-0022 complète les précédentes
conclusions des experts en s’appuyant sur la modélisation construite à partir des données de l’épizootie de 2016-2017.
Au 16/09/2021, la plateforme ESA dresse le bilan3 suivant pour l’épizootie d’IAHP 2020-2021 : cette épizootie se caractérise notamment par une plus grande ampleur que les précédentes (2016-2017 et 2019-2020 (Europe sans la France)), en touchant l’avifaune et les volailles dans 29 pays. Il ressort de ce bilan que le sous-type H5N8 est majoritaire. Si d’autres sous-types ont été identifiés, ils étaient tous du clade 2.3.4.4b.
Il est à noter que la France est le pays qui a compté le plus de foyers chez les volailles, avec une épizootie très localisée dans le Sud-Ouest. Les premiers foyers déclarés chez des animaux de basse-cour ont été identifiés en Corse (n=7) à partir du 16/11/2020, en lien
épidémiologique avec un autre foyer détecté dans une animalerie des Yvelines. Le neuvième foyer a été confirmé le 06/12/2020 dans les Landes (1er foyer dans un élevage avicole). Puis le virus s'est propagé rapidement, dans le Sud-Ouest de la France, avec des foyers dans les Landes, les Hautes-Pyrénées, les Pyrénées-Atlantiques, le Lot-et-Garonne et le Gers. Le 12/12/2020, un foyer a été détecté en Vendée, puis le 13/12/2020 dans le département limitrophe des Deux-Sèvres.
Au total, 492 foyers en élevages de volailles (475 dans le Sud-Ouest et 17 hors Sud-Ouest) ont été déclarés au cours de cette saison 2020-2021. Le dernier foyer déclaré chez des volailles a été détecté le 26/04/2021.
Vingt cas ont été confirmés en avifaune sauvage libre et deux cas ont concerné des oiseaux sauvages captifs. Sept oiseaux sauvages infectés par le virus H5N8 auraient été contaminés secondairement, à partir de foyers en élevages de volailles : en Corse (2), dans les Landes (1), dans les Ardennes (3) et dans le Haut-Rhin (1) (Anses 2021b, BHVSI 2021). Un épisode de mortalité massive a été observé dans le département de la Manche à partir du 17/01/2021, où des bécasseaux maubèches (Calidris canutus) ont été retrouvés morts sur une plage (au moins 300 oiseaux morts sur un effectif d’environ 10 000 bécasseaux maubèches). Les quatre cas confirmés chez cette espèce (sur quatre testés) étaient associés à une infection par un virus d’IAHP H5N3 (sources : Laboratoire national de référence -LNR-, Office français de la biodiversité -OFB-). Des liens avec des cas dans d’autres pays européens ont été mis en évidence. Au total, trois sous-types différents de virus IAHP (H5N8, H5N3 et H5N1) ont été caractérisés dans l’avifaune.
Le dernier cas en avifaune sauvage libre a été identifié le 28/04/2021 (poussins de faucons pèlerins - Falco peregrinus - à Saint-Nicolas-de-Port en Meurthe-et-Moselle, suivis d’une adulte). Le dernier cas chez des oiseaux captifs a été observé le 02/07/2021 dans une basse-cour. Les virus IAHP ont très probablement été introduits en France continentale lors de la migration postnuptiale « descendante » d’automne (Anses 2021a). La présence de virus IAHP a été confirmée sur treize espèces d’oiseaux sauvages.
Dans la zone Sud-Ouest, deux introductions de souches distinctes de virus IAHP H5N8 ont été identifiées chez des volailles :
- une dans les Landes, suivie d’une très large diffusion entre élevages de proche en proche et à distance via des contacts directs ou indirects (mouvements d’animaux, de personnes ou de matériel), et responsable de la quasi-totalité des foyers observés dans cette zone ;
- l’autre dans une basse-cour de particulier dans les Hautes-Pyrénées, le virus responsable de l’infection n’ayant pas été retrouvé ailleurs.
Dans les départements de la Vendée et des Deux-Sèvres, les analyses phylogénétiques montrent qu’il y a eu trois souches distinctes introduites. Ce nombre de trois introductions serait attribuable à une exposition plus forte de cette zone à l’avifaune sauvage à risque car située plus au nord que celle du Sud-Ouest (Anses 2021a). Un seul foyer secondaire est à déplorer dans cette zone.
La situation s’est stabilisée à partir de début mai 2021 : un seul foyer d'infection par un virus IAHP H5N8 a été détecté après le 28 avril 2021, celui-ci ayant été identifié chez des oiseaux captifs en basse-cour dans le Loiret, plus de deux mois après la précédente détection. Les mesures de sécurité sanitaire renforcées, parmi lesquelles figuraient la claustration des oiseaux, ont été levées sur l’ensemble du territoire national métropolitain lorsque la situation a permis de repasser en niveau de risque négligeable, soit le 28 mai 2021. Classé « élevé » au regard de l’influenza aviaire, depuis le 17 novembre 2020, le niveau de risque est devenu « modéré » le 24 avril 2021 puis « négligeable » le 28 mai 2021. Le statut indemne (qui concerne les productions avicoles) a été retrouvé en France le 02 septembre 20215.
Ces éléments ne tiennent pas compte des évènements survenus lors de la nouvelle saison, à savoir à partir du 1er août 2021, dans la mesure où ils ne concernent pas le contexte de la présente saisine sur le retour d’expérience de l’épizootie 2020-20216. Ceux-ci illustrent néanmoins le fait que les virus IAHP H5Nx appartenant au clade 2.3.4.4b se maintiennent durablement au niveau mondial et appellent à rester vigilant sur le risque de nouvelles introductions chaque année en Europe (Anses 2021a).
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