Réduction du coût de la sélection génomique par utilisation de panels à plus faible densité de marqueurs chez le bar et la daurade
Résumé
Depuis 2018, et grâce aux projets de R&D Fild’Or et GèneSea (FEAMP), les écloseries FMDS et EMGI ont commencé à indexer leurs candidats en utilisant la ressemblance des génomes (sélection génomique - SG) plutôt que l’appartenance familiale (pedigree), en particulier pour des caractères de résistance à des pathologies ou pour sélectionner des candidats élevés à terre sur les performances d’apparentés élevés en cages. Le coût de génotypage (20-25 € /individu) avec une puce moyenne densité (MD) d’environ 57 000 marqueurs génétiques SNP (57K) constitue un frein concurrentiel réel pour les entreprises de sélection. Les travaux antérieurs sur les espèces terrestres et le saumon ainsi que l’arrivée du génotypage par séquençage pourraient cependant permettre de réduire ce coût en génotypant les candidats et apparentés à plus basse densité (LD, 200 à 3000 marqueurs) et en imputant les marqueurs manquants entre ces marqueurs génotypés à partir du génotype de leurs parents obtenu en MD (sélection génomique par imputation). L’objectif de l’étude réalisée dans le projet européen AquaIMPACT était d’évaluer l’efficacité relative d’une sélection génomique par imputation chez le bar et la daurade avec des panels LD par rapport à une sélection sur pedigree ou génomique avec une puce MD pour évaluer le meilleur compromis entre efficacité de la sélection et prix du génotypage. Ce travail a été mené pour deux espèces marines de deux entreprises de sélection française : EMGI (bar) et FMDS (daurade). Un total de 1646 bars a été génotypé à l’aide de la puce MD 57K SNP Axiom DlabCHIP à raison de 942 bars phénotypés pour la résistance à vibrio harveyi par la plateforme SYSAAF-ANSES Fortior Genetics et de 704 bars phénotypés pour des caractères de découpe (poids, poids éviscéré et étêté ajusté par le poids). 919 daurades ont été génotypées avec la puce 60K SNP Axiom SaurCHIP et phénotypées pour différents caractères de découpe (poids, poids éviscéré et étêté ajusté par le poids, poids du filet ajusté par le poids). Pour chaque espèce, l’efficacité de la sélection génomique a été évaluée avec les puces MD et pour 10 panels LD de tailles différentes : 300, 500, 700, 1 000, 3 000, 5 000, 10 000, 15 000, 20 000 marqueurs. La qualité de l’imputation augmente avec le nombre de marqueurs sur les panels LD. Elle atteint rapidement un plateau entre 3 000 et 5 000 marqueurs, pour les deux espèces. Les résultats montrent une efficacité proche, en moyenne, de la sélection avec une puce 57K en utilisant un panel LD avec 3 000 marqueurs sans imputation ou avec un panel 1 000 marqueurs avec imputation pour les deux espèces et les différents caractères. Ces résultats permettent d’envisager la création de panels LD pour les différentes entreprises de sélection françaises pour réduire les coûts de la sélection génomique tout en conservant un niveau d’efficacité équivalent à une puce 57K.